Κατηγορίες
Σοβαρά

Folding@Home: Lets all fold for humanity!

Αν και άρχισα πρόσφατα να “διπλώνω”, παρόλο που ήξερα το project καιρό, αποφάσισα να κάνω ένα post για αυτό, να πω δυό λόγια, πως μπορεί να το εγκαταστήσει κάποιος, την άποψή μου, τις μαλακ1ες μου κτλ!

Το Folding@Home είναι ένα “απλό”, για τους normal χρήστες, πρόγραμμα που διπλώνει.. πρωτεΐνες. Όπως πολύ καλά φαντάστηκες, μελετούν τις ασθένειες που βασίζονται ή ίσως βασίζονται σε λανθασμένη δίπλωση της τριτοταγής δίπλωσης κάποιων πρωτεΐνών. Πρωτοταγής, δευτεροταγής και τριτοταγής δομή! Ά ρε Λίγκα 😛

Copy-pastάρω (παραθέτω) το παρακάτω κειμενάκι απ’ την σελίδα του F@H..

Τι είναι η αναδίπλωση των πρωτεϊνών και πώς αυτή συνδέεται με τις ασθένειες;
Οι πρωτεΐνες είναι η κινητήρια δύναμη της βιολογίας — οι «νανομηχανές» της. Πριν οι πρωτεΐνες μπορέσουν να πραγματοποιήσουν αυτές τις σημαντικές λειτουργίες, αυτοδιαμορφώνουν την τρισδιάστατη δομή τους, ή «αναδιπλώνονται». Η διαδικασία της αναδίπλωσης των πρωτεϊνών, παρότι είναι ζωτική και θεμελιώδης ουσιαστικά για όλη τη βιολογία, παραμένει από πολλές πλευρές ένα μυστήριο.

Επιπλέον, όταν οι πρωτεΐνες δεν αναδιπλώνονται σωστά (η λεγόμενη «λανθασμένη αναδίπλωση»), μπορεί να υπάρξουν σοβαρές επιπτώσεις, συμπεριλαμβανομένων πολλών γνωστών ασθενειών, όπως η Νόσος του Αλτσχάιμερ, η νόσος των τρελών αγελάδων (σπογγώδης εγκεφαλοπάθεια των βοοειδών ), η νόσος Κρόιτζφελντ-Γιάκομπ, η πλαγία μυατροφική σκλήρυνση, η νόσος του Χάντιγκτον, η νόσος του Πάρκινσον, και πολλοί Καρκίνοι και σχετιζόμενα με τον καρκίνο σύνδρομα.

Aπό το folding.stanford.edu

Technically speaking χρησιμοποιεί τον υπολογιστή σου ή μάλλον καλύτερα την επεξεργαστική του ισχή για να “διπλώνει” διάφορες πρωτεΐνες σε ΟΛΕΣ τις δυνατές “στάσεις” στην τριτοταγή δομή, τα δεδομένα των οποίων φυσικά παίρνει από κάποιον server απ’ το Στάνφορντ στο Αμέρικα.

Υπάρχουν 2 βασικά είδη client για ‘μένα, o “x86-x64”, για 32bit και 64bit επεξεργαστές, και ο νέος “gpu” για nVidia GPU (Series 8 και πάνω meng) ο οποίος είναι ακόμη Μπέτα. Υπάρχει εδώ και καιρό για ATi GPU, μοντέλα HD2xxx και πάνω, περισσότερα θα πρήξω τον Spyro aka ATi Fan Boy να κάνει comment οτι ξέρει.

Καλό θα ήταν να πάρει “κάποιος” μέρος σε αυτό.. Σκέψου οτι μπορεί να βρεθεί κάποιο φάρμακο ή κάποια θεραπεία γενικότερα για κάποια σοβαρή νόσο, που χτύπα ξύλο μπορεί να πάθει αυτός ο “κάποιος”.. Για παράδειγμα Πάρκινσον ή Αλτσχάιμερ. Καλύτερα να είχε αφήσει το PC, κατά τη γνώμη μου, ανοιχτό τη νύχτα για να “διπλώσει” καμιά πρωτεΐνούλα! Όσο κακός και αν ακούστηκα, αυτή είναι η αλήθεια.. Lets all fold for humanity 😀

Για την εγκατάσταση του απλού client (x86-x64) πηγαίνεις εδώ και επιλέγεις ‘Windows 2000/XP/Vista Graphical client‘ εάν φυσικά έχεις Windows και σου αρέσει να χαζέυεις τις πρωτείνες που “διπλώνονται”. Ομολογώ άμα βαριέσαι έχει πλάκα. Μπορείς όμως να κατεβάσεις και το ‘Windows NT/2000/XP/Vista text-only console (with built-in Windows-service-install option)‘ αλλά δεν είναι τόσο συναρπαστικό, κανείς δε συμπαθεί τις κονσόλες πια 😛

Τώρα για το client που χρησιμοποιεί τον GPU.. Μουχάχα.. σε κορόιδεψα δεν είναι τόσο απλό όσο φαίνεται αλλά εδώ αρχίζει το ReAL StUff!..
Καταρχάς πρέπει να κατεβάσεις τους CUDA Drivers. Μόνο τους drivers χρειάζεσαι, τίποτα άλλο από αυτά που δίνουν κάτι CUDA toolkit και CUDA SDK code samples δηλαδή ξέχνα τα, εκτός και αν είσαι σκληροπυρηνικός χρήστης / προγραμματιστής.
Αφού λεπόν βάλεις τους drivers και λογικά σου ζητήσει restart, κατέβασε το gpu client από δω (αυτό που λέει ‘Windows: V6 Beta GPU2 (ATI 26xx+, nVidia read this) clients‘) και κάνε.. εγκατάσταση 😛
Αυτό το trend με τις πράξεις αντί να γίνονται σε CPU να γίνονται στην κάρτα γραφικών είναι κάτι το καινούριο σχετικά. Μπορείς να διαβάσεις περισσότερα εδώ.

Απλώς τρέχεις τα προγραμματάκια αυτά και κάνουν μόνα τους την δουλειά που πρέπει να γίνει.
Α, και στα 2 πρέπει να βάλεις όνομα αν θες οι πόντοι σου να “έχουν ιδιοκτήτη” ή αν θες να το παίζεις μάγκας 🙂
Λούκ μαμ, έφτασα τους 30κέι πόντους!

Επίσης.. δεν έχω προσέξει καμία διαφορά στην ταχύτητα του PC όταν τρέχουν, οπότε, λογικά δεν θα έχει και κανείς άλλος χρήστης αφου το πρόγραμμα “κόβει” από μόνο του όταν τα προγράμματα του χρήστη απαιτούν περισσότερη ή και ολόκληρη την επεξεργαστική ισχύ του CPU.
Για τον GPU δεν ξέρω. Απ’ οτι είχα διαβάσει προκαλεί κάποια μικροπροβληματάκια με κάποιες OpenGL εφαρμογές. Beta έκδοση είναι ακόμα, υπομονή.
Α και μην τρομάξεις άμα σηκωθείς κανά πρωί και το PC κάνει σαν Jet, απλά το F@H είδε οτι δεν το χρησιμοποιείς και.. ζορίζει στο full to PCάκι 😛

Λοιπόν αυτά!
Τα λέμε, πιστεύω σύντομα.


Edit: Κάποιες μικρο-διορθωσούλες γιατί είχα γράψει λάθος! Thanks to Spyros που τα είδε 🙂

5 απαντησεις στο “Folding@Home: Lets all fold for humanity!”

φιλε γιωργο τρεχω seti@home εδω και παραπανω απο ενα χρονο στο debian server που λεγαμε 😉 ειναι πολυ σημαντικο να τρεχουμε τετοια προγραμματα γιατι ολοι οι αντε μην πω εχουν μαθει τα dual core και τα παιρνουν για να σερφαρουν το ιντερνετ και να παιζουν και κανα παιχνιδι… ΕΛΕΟΣ! τρεξτε λοιπον αυτα τα προγραμματακια μπας και τα λεφτα που σκασατε φανουν χρησιμα… μπραβο Γιωργο που το ανεφερες..

Θέλω και εγώ να βάλω ένα απ’ τα συρταρόπισα ή και τα 2 να “διπλώνουν” ή για προτοτυπία το SETI@home! Το θέμα είναι οτι κλείνοντας το Putty (συνδέομαι με SSH) σταματάει και η εκτέλεση του προγράμματος. Καμία ιδέα?

αχα! τρεξε την εντολη σου βαζοντας μπροστα nohup. επισης βαλε και ενα nice (δινει πορους χωρις να καθυστερει το pc οταν τους χρειαζεται). οποτε γραψε κατι του στυλ “nohup nice ./run_client &”. το “&” στο τελος λεει στο λειτουργικο να τρεξει την διεργασια στο background (οποτε μπορεις να δωσεις κι αλλες εντολες μετα στην κονσολα). τωρα που το αναφερεις μπορει να γραψω κανα μικτο tutorial πως γινονται τετοια πραγματακια σε unix (επειδη το CPU σου θα ειναι στο 100% προσεχε να αεριζεται καλα 😉 )

PS: για την θερμοκρασια εχω γραψει αυτο το μικρο αρθρο στο blog μου http://stratosector.net/myblog/2008/06/monitoring-the-temp-of-your-debian-box/

Αφήστε μια απάντηση

Η ηλ. διεύθυνση σας δεν δημοσιεύεται. Τα υποχρεωτικά πεδία σημειώνονται με *